Theo tờ trình Chính phủ gửi Quốc hội đề nghị thông qua dự án đường sắt cao tốc Bắc - Nam, dự án sẽ đi qua 20 tỉnh, thành. Trên tuyến sẽ bố trí 23 ga hành khách, mỗi tỉnh có ít nhất một nhà ga hành khách.
Riêng tỉnh Hà Tĩnh được bố trí hai ga là Hà Tĩnh và Vũng Áng, tỉnh Bình Định hai ga Bồng Sơn và Diêu Trì, tỉnh Bình Thuận có hai ga Phan Rí, Mương Mán.
Vị trí các ga đều phù hợp với quy hoạch các tỉnh đã được phê duyệt, cự ly trung bình khoảng 67km/ga. Phương án bố trí ga nêu trên t ương đồng với tuyến đường sắt Bắc Kinh - Thượng Hải có chiều dài 1.318 km, tốc độ thiết kế 380 km/h, bố trí 24 ga, trung bình 55km/ga.
Ngoài 23 ga trên, Chính phủ cho biết trong báo cáo nghiên cứu tiền khả thi đã đề xuất một số ga tiềm năng như Nghi Sơn (Thanh Hoá), Chân Mây (Huế), La gi (Bình Thuận), Cam Lâm (Khánh Hoà).
Tuy nhiên, các ga này sẽ được hình thành khi địa phương phát triển các đô thị có quy mô dân số và có nhu cầu vận tải đủ lớn, khoảng cách giữa các ga bảo đảm yêu cầu kỹ thuật. Còn giai đoạn hiện tại, các vị trí trên nhu cầu vận tải chưa cao, đầu tư có thể dẫn đến khai thác không hiệu quả.
Về phương án hướng tuyến đường sắt cao tốc, Chính phủ đã tính đến kết nối với các tuyến đường sắt hiện hữu và quy hoạch, mạng lưới đường sắt đô thị tại Hà Nội và TP.HCM; kết nối các cảng hàng không, cảng biển lớn, các khu kinh tế quan trọng và kết nối với mạng đường sắt quốc tế (Trung Quốc, Lào, Campuchia), cụ thể như sau:
Khu vực phía Bắc : từ tổ hợp Ngọc Hồi, ga Thường Tín, tuyến ĐSTĐC kết nối với đường sắt phía Bắc (tuyến Lào Cai - Hà Nội - Hải Phòng, Hà Nội - Lạng Sơn) thông qua tuyến vành đai phía Đông và vành đai phía Tây (quy hoạch); kết nối với trung tâm TP. Hà Nội qua tuyến đường sắt đô thị số 1; kết nối với sân bay Nội Bài qua tuyến đường sắt đô thị số 6; kết nối cảng biển khu vực Hải Phòng, liên vận quốc tế với Trung Quốc thông qua tuyến Lào Cai - Hà Nội - Hải Phòng, Hà Nội - Lạng Sơn.
Khu vực miền Trung: tuyến đường sắt cao tốc kết nối liên vận quốc tế với Lào tại ga Vũng Áng thông qua tuyến Mụ Giạ - Vũng Áng - Viêng Chăn; tại ga Chu Lai kết nối với cảng hàng không Chu Lai được hoạch định là đầu mối vận tải hàng hóa bằng hàng không khu vực miền Trung; kết nối cảng biển Vũng Áng (ga Vũng Áng), cảng Kỳ Hà (ga Chu Lai), cảng Vân Phong (ga Ninh hòa). Ngoài ra, tại khu vực miền Trung tuyến ĐSTĐC đã được hoạch định kết nối với tuyến đường sắt qua Tây Nguyên tại ga Đà Nẵng.
Khu vực miền Nam: Tuyến đường sắt cao tốc kết nối với mạng lưới đường sắt khu đầu mối TP.HCM, cảng biển (Cái Mép - Thị Vải) thông qua tuyến đường sắt Biên Hòa - Vũng Tàu (ga Trảng Bom); kết nối liên vận quốc tế với Campuchia thông qua tuyến đường sắt TP.HCM - Lộc Ninh; kết nối vùng Đồng bằng sông Cửu Long theo tuyến TP.HCM - Cần Thơ. Ga Thủ Thiêm kết nối với trung tâm TP.HCM, sân bay Tân Sơn Nhất thông qua các tuyến đường sắt đô thị; kết nối trực tiếp với sân bay quốc tế Long Thành tại ga Long Thành.
Hướng tuyến và vị trí nhà ga trong dự án đã được các địa phươngthỏa thuận thống nhất và phù hợp với các quy hoạch tỉnh; có khả năng kết nối các ga với các trung tâm đô thị bằng hệ thống đường bộ thuận lợi.
Cùng với đó, trong bước lập báo cáo nghiên cứu khả thi, Chính phủ chỉ đạo Bộ GTVT tiếp tục yêu cầu bên tư vấn phối hợp với các cơ quan, địa phương liên quan để cập nhật dự án vào các quy hoạch có liên quan để bảo đảm kết nối đồng bộ, thuận lợi, nâng cao hiệu quả đầu tư.